个人的话 两个都研究过一段时间，用的也都比较熟悉。首先我讲讲我个人的想法吧： 
Obsidian
优势： 

免费开源，本地保存（最大优势）
插件很多，可定制化程度高。
结合iCloud 可实现多端同步。

Notion

界面很好看（个人觉得）
商用软件，各种功能无需自己捣鼓，都做得很好了。而且edu账号不限空间。
AI和笔记的集成度很高，使用方便。并且数据库功能也非常强大。
协作能力强，可直接发布网页，并且结合一些开源项目（如notionnext）可直接建立微博。 
不过因为是商用软件，并且无法本地实时保存，各方面的价格也不便宜。